Katastrofy naturalne zniszczyły planetę Zi, wymazując niemal całe życie. Tysiąc lat później ludzie powoli odbudowują cywilizację, odzyskując starożytne Zoidy dzięki operacjom nurkowym i górnictwu. W wiosce, która czci gigantyczne miecz jako świętą relikwię – ich najstarszy znany artefakt – nastoletni chłopiec odkrywa starożytnego Zoida typu Liger podczas misji ratunkowej na głębokich wodach. Nagle wioska zostaje zaatakowana przez szkieletowe Bio-Zoidy, które chcą ukraść potężny generator znajdujący się tam. Nasz nastoletni bohater budzi Liger i uświadamia sobie, że święty miecz wioski jest w rzeczywistości bronią Liger; razem odparują tajemnicze Bio-Zoidy. Przynajmniej na razie...