W XXI wieku Ziemia stała się niezdatna do zamieszkania, co zmusiło ludzkość do masowej migracji na planetę Zi, naturalne środowisko życia metalicznych istot zwanych Zoidami. Lata później Zi zbliża się do końca, a jej mieszkańcy podejmują podróż, aby wrócić na Ziemię. W celu przywrócenia Ziemi do stanu zdatnego do zamieszkania, migranci opracowują plan „Zi-Forming”. Jednak plan się nie udaje, pozostawiając Ziemię w chaosie. Zdominowana przez Zoidy i otulona niestabilną pogodą, migranci z trudem walczą o przetrwanie. Osady Imperium i Republiki próbują wydobyć Zoidy zakopane wewnątrz Ziemi, aby wzmocnić swoje armie. Historia śledzi losy drugiego pokolenia obywateli Ziemi, Leo Conrada i Buzza Cunninghama, którzy przypadkowo napotykają dziewczynę o imieniu Sally Land, gdy ucieka z Imperium.