Uważane niegdyś za wymarłe, ninja pojawiły się ponownie w współczesnej Japonii po wojnie na Pacyfiku. Według plotek jest ich dwieście tysięcy; te śmiertelnie niebezpieczne zabójczynie są obecnie przydzielane do tajnych operacji, infiltrując w tym procesie znaczną część publicznych i prywatnych instytucji kraju. Jednym z tych ninja jest Kurou Kumogakure, który spędza dni w zrujnowanym mieszkaniu, pozbawiony jakiejkolwiek motywacji do działania. Niektórzy mogą postrzegać go jako bezużytecznego wędrowca, który nic nie robi, tylko kradnie piwo sąsiadowi. Mimo to ten 17-letni nieudacznik może być w rzeczywistości bardziej niebezpieczny, niż sugeruje jego wygląd. Ukryty potencjał Kurou zostaje przetestowany, gdy otrzymuje nowe zadanie infiltracji lokalnej szkoły średniej, ale to powierzenie ma więcej do zaoferowania, niż mógłby kiedykolwiek przewidzieć.