Ittoki Sakuraba nie rozumie, dlaczego jego matka, wujek i przyjaciel z dzieciństwa, Kousetsu, traktują jego bezpieczeństwo tak poważnie. Kousetsu stale go śledzi i obserwuje, nie dbając o jego prywatność, skupiając się wyłącznie na ochronie Ittoki przez każdą czuwającą chwilę. Jednak ten ciągły nadzór zaczyna mieć sens, gdy urocza uczennica drugiego roku liceum, Satomi Tsubaki, zaprasza Ittokiego na randkę. Choć początkowo wydaje się niewinna, prawdziwe intencje Tsubaki szybko stają się jasne, gdy Ittoki odwiedza jej dom: planuje go zamordować i nie działa sama. Zaskakująco, na jego pomoc przychodzą jego wujek i Kousetsu – ubrani w ciemne i śmiertelnie niebezpieczne stroje ninja. Po tym, jak Ittoki zostaje eskortowany w bezpieczne miejsce, jego matka ujawnia prawdę: jest on 19. dziedzicem szlacheckiego klanu ninja znanego jako Iga i celem zamachu ze strony rywalizującego z nimi klanu Koga. Aby chronić się przed tym nowym zagrożeniem, Ittoki musi doskonalić swoje umiejętności w jedynej pozostałej w Japonii akademii ninja: Akademii Ninja Kokuten.