Po II wojnie światowej sojusznicze dowództwo w Japonii utworzyło nową agencję mającą na celu zarządzanie terroryzmem i przemocą w regionie Pacyfiku. Agencję obsadzono ninja, którzy początkowo zajmowali się sprawami wewnętrznymi. Ostatecznie program ten rozwinął się do obecnej formy, zarządzając 20 000 ninja w zakresie różnorodnych spraw wewnętrznych i międzynarodowych. Jednym z tych ninja jest Kudo. Siedemnastoletni licealny nieudacznik jest teraz gotowy, by stać się kolejną linią obrony przed potencjalną falą zagranicznych zabójców inwaduujących do Tokio.