Jednego dnia jasnoczerwone słońce przestało świecić, co wywołało „Zjawisko Rozkładu” – zniszczenie miasta Araty Kasugi i zniknięcie jego mieszkańców. Jednak nie wszystko jest stracone; dzięki magicznemu grimoarowi, który podarował mu jego przyjaciel z dzieciństwa i kuzyn, Hijiri Kasuga, świat Araty zostaje sztucznie zrekonstruowany. Aby zbadać to zjawisko, Lilith Asami pojawia się przed Aratą, gdy jego sztuczny świat nagle rozpada się. Stawia mu przed wyborem: oddać książkę albo umrzeć. Arata jednak wybiera trzecią opcję – zapisuje się do tajnej akademii magii Royal Biblia Academy, gdzie czeka na niego sześciu innych użytkowników magii. Razem z Lilith tworzą oni Trinity Seven, elitę szkoły, z których każdy wzmacnia swoją moc i umiejętności. Napędzany ambicją uratowania Hijiriego i wspierany przez nowych przyjaciół, Arata nie cofnie się przed niczym, aby zapobiec zniszczeniu ukochanego rodzinnego miasta i przywrócić swojego najlepszego przyjaciela.