Nindżowie... Nindżowie byli... bezlitosnymi półbogami, którzy rządzili Japonią za pomocą karate w epoce nindżowskiego spokoju. Jednak "jacyś" popełnili zakazaną formę harakiri, przechowując swoje dusze w Świątyni Kinkaku w celu przyszłego wskrzeszenia. Ich zaginiona historia została zafałszowana i ukryta, a prawda o tych nindżoach dawno zapomniana. Teraz, w przyszłości, gdzie uniwersalizacja technologii cybernetycznej i sieci elektronicznych jest Bogiem, złowrogie dusze nindżoów, wskrzeszone z tysięcy lat wstecz, nagle zostają uwolnione w mrocznych cieniach Neo-Saitamy. Kenji Fujikido to pracownik biurowy, którego żona i dziecko zginęły w wojnie terytorialnej nindżoów. W zderzeniu ze śmiercią, Fujikido zostaje opętany przez enigmatyczną duszę nindżo. Fujikido oszukuje śmierć i staje się Ninja Slayerem, Sędzią Ostatecznym skazanym na zabijanie złych nindżoów i zaangażowanym w osobistą wojnę zemsty. Akcja rozgrywa się w dystopijnym podziemiu Neo-Saitamy, gdzie Ninja Slayer walczy na śmierć i życie z nindżoami z Syndykatu Soukai.