Nindżowie... Nindżowie byli... bezlitosnymi półbogami, którzy rządzili Japonią za pomocą karate w epoce nindżowskiego spokoju. Jednak "jacyś" dokonali zakazanej formy harakiri, przechowując swoje dusze w Świątyni Kinkaku w celu przyszłego wskrzeszenia. Ich zaginiona historia została zafałszowana i ukryta, a prawda o tych nindżoach była przez długi czas zapomniana. Teraz, w przyszłości, gdzie uniwersalizacja technologii cybernetycznej i sieci elektronicznych jest Bogiem, złowrogie dusze nindżów wskrzeszone z tysięcy lat temu nagle zostają uwolnione w mrocznych cieniach Neo-Saitamy. Kenji Fujikido to pracownik biurowy, którego żona i dziecko zginęły w wojnie terytorialnej nindżów. W zetknięciu ze śmiercią, Fujikido zostaje opętany przez enigmatyczną duszę nindży. Fujikido oszukuje śmierć i staje się Ninja Slayerem, Sędzią Śmierci przeznaczonym do zabijania złych nindżów i zaangażowanym w osobistą wojnę zemsty. Akcja rozgrywa się w dystopijnym podświecie Neo-Saitamy, gdzie Ninja Slayer stacza śmiertelne walki z nindżami z Syndykatu Soukai.