Nindźa... Nindźa byli... bezlitosnymi półbogami, którzy rządzili Japonią za pomocą karate w epoce nindźa spokoju. Ale "jacyś" popełnili zakazaną formę harakiri, składowując swoje dusze w Świątyni Kinkaku w celu przyszłego wskrzeszenia. Ich zaginiona historia została zafałszowana i ukryta, a prawda o tych nindźa dawno zapomniana. Teraz, w przyszłości, gdzie uniwersalizacja technologii cybernetycznej i sieci elektronicznych jest Bogiem, złowrogie dusze nindźa, wskrzeszone z tysięcy lat wstecz, nagle zostają uwolnione w mrocznych cieniach Neo-Saitamy. Kenji Fujikido to pracownik biurowy, którego żona i dziecko zginęły w wojnie terytorialnej nindźa. W zderzeniu ze swoją własną śmiercią, Fujikido zostaje opętany przez enigmatyczną duszę nindźa. Fujikido oszukuje śmierć i staje się Ninja Slayerem. Żniwiarz przeznaczone do zabijania złych nindźa, oddany osobistej wojnie zemsty. Akcja rozgrywa się w dystopijnym podświecie Neo-Saitamy, gdzie Ninja Slayer walczy na śmierć i życie z nindźami z Syndykatu Soukai.