Nindźa... Nindźa byli... bezlitosnymi półbogami, którzy rządzili Japonią za pomocą karate w epoce nindźa spokoju. Jednak "jacyś" z nich dokonali zakazanej formy harakiri, przechowując swoje dusze w świątyni Kinkaku w celu przyszłego wskrzeszenia. Ich zaginiona historia została zafałszowana i ukryta, a prawda o tych nindźach dawno zapomniana. Teraz, w przyszłości, gdzie uniwersalizacja technologii cybernetycznej i sieci elektronicznych jest Bogiem, złowrogie dusze nindź wskrzeszone z tysięcy lat wstecz nagle zostają uwolnione w mrocznych cieniach Neo-Saitamy. Fujikido Kenji to pracownik biurowy, którego żona i dziecko zginęły w wojnie terytorialnej nindź. W konfrontacji ze śmiercią Fujikido zostaje opętany przez enigmatyczną duszę nindźi. Fujikido oszukuje śmierć i staje się Ninja Slayerem — Sędzią Śmierci przeznaczonego do zabijania złych nindź, zaangażowanego w osobistą wojnę zemsty. Akcja rozgrywa się w dystopijnym podświecie Neo-Saitamy, gdzie Ninja Slayer stacza śmiertelne walki z nindźami z Syndykatu Soukai.