Anna Akechi jest uczennicą drugiego roku szkoły podstawowej mieszkającą w mieście Makoto Mirai. W dniu swoich 14. urodzin przypadkowo spotyka wróżkę o imieniu Pochitan, a magiczny wisiorek przenosi ją w czasie z 2027 roku do 1999! W mieście Makoto Mirai, 28 lat w przeszłości, Anna poznaje Mikuru Kobayashi, dziewczynę w jej wieku, która marzy o tym, by zostać wielką detektywem. Tymczasem mieszkańcy miasta mają kłopoty, ponieważ znikają im cenne przedmioty – sprawcami jest grupa Fantomatycznych Złodziei. Aby ich powstrzymać, Anna i Mikuru zmieniają się w Precure! Może jeśli rozwiążą te zagadki, Anna znajdzie drogę powrotną do własnej epoki?