Po zamknięciu niezwykle popularnej gry MMORPG w rzeczywistości wirtualnej „The World”, uruchomiono jej nową wersję, The World R:2. W dniu swojego debiutu w grze, nowicjusz Haseo sądzi, że znalazł przyjaciół do wspólnych wypraw. Jednak jakby na złośliwą ironię, zabijają oni jego postać dla samej rozrywki. Na szczęście ratuje go tajemniczy, jednoręki gracz o imieniu Ovan, który oferuje mu przewodnictwo po świecie gry. Razem z Ovanem i jego towarzyszką, kapłanką Shino, Haseo cieszy się wspaniałym pierwszym rokiem gry. Jednak ten spokojny stan zostaje złamany, gdy postać Shino zostaje zabita przez znaną postać, infamnie znaną jako Tri-Edge, której ofiary wpadły w śpiączkę w świecie rzeczywistym. W przypływie gniewu Haseo przysięga, że znajdzie nieuchwytnego Tri-Edge i zabije go. Akcja .hack//Roots rozgrywa się podczas pierwszego roku Haseo w The World i eksploruje przyjaźnie, które Haseo zawarł w grze, zanim Tri-Edge je zniszczył.