Akcja toczy się w mieście Ayanagi, położonym w pobliżu Morza Japońskiego. Jest to futurystyczna metropolia zbudowana w celu ułatwienia odbudowy po katastrofie spowodowanej przez „Zespół apatii” dziesięć lat wcześniej. Uczniowie szkoły średniej Shin Kanzato i jego młodszy brat Jun ponownie łączą się ze swoim starszym bratem Ryou, szefem policji w mieście Ayanagi, po dziesięciu latach rozłąki. W tym czasie w mieście Ayanagi dochodzi do serii dziwnych incydentów, w tym nagłego zniknięcia załogi okrętu podwodnego podczas rejsu, powrotu objawów apatii, które po dziesięciu latach ponownie trapią świat, oraz sprawy zwłok zwróconych na lewą stronę, w której uczeń przybrał okrutny wygląd. Ryou bada organizację stojącą za tą serią incydentów, a Shin, który został wplątany w wydarzenia, budzi swoją „Personę”.