Ren Amamiya, nowy uczeń Szkoły Shujin, zostaje wysłany do Tokio, aby mieszkać u przyjaciela rodziny, Sojiro Sakury, po tym, jak został niesłusznie postawiony na probacji za obronę kobiety przed napastowaniem seksualnym. Podążając do szkoły w swój pierwszy dzień, Ren zauważa, że na jego telefonie pojawiła się dziwna aplikacja, która przenosi go do świata znanego jako Metaverse, zawierającego "cienie" ludzi: zniekształcone przedstawienia ich prawdziwych ja. W Metaverse budzi się jego Persona, moc z głębi jego istoty, która daje mu siłę do walki z cieniami. Dzięki pomocy innych, podobnie zmęczonych życiem uczniów, tworzy Fantomatycznych Złodziei Serca, próbując ratować ludzi przed ich grzesznymi pragnieniami poprzez "zabranie ich serca", co sprawia, że złoczyńcy żałują swoich czynów i zaczynają nowe życie. Renoma grupy rośnie wybuchowo, przynosząc zarówno pozytywną, jak i negatywną sławę. Jednakże, w szczycie ich popularności, Ren zostaje schwytany i aresztowany. Obudziwszy się, poddaje się surowemu przesłuchaniu, które zostaje przerwane przez przybycie Sae Niijima – prokuratora szukającego odpowiedzi. Jak zareaguje na jego historię i co stanie się z Fantomatycznymi Złodziejami Serca?