Raporty o enigmatycznych bytach nazywanych „Hologram Ghosts” są od kilku lat gorącym tematem w mediach społecznościowych. Plotki sugerują, że wiele osób stało się ofiarami tych zjaw. Przeżyli spotkań z tymi nadprzyrodzonymi istotami opisują je jako przypominające uszkodzone hologramy. Hiro Amanokawa, uczeń szkoły średniej w Akademii Hazakura, uważa te doniesienia za nic więcej niż miejską legendę. Jednak wraz ze wzrostem liczby incydentów, przypomina mu się dzień, w którym jego ojciec nagle zniknął, pozostawiając po sobie jedynie dziwne cyfrowe zegarki jako ślady jego zniknięcia. Podobnie jak w innych przypadkach, los ojca Hiro nie daje się wyjaśnić w sposób zgodny z konwencjonalną logiką. Gdy kolega z klasy zostaje zaatakowany przez Hologram Ghost, Hiro i jego przyjaciel Kiyoshirou Higashimitarai postanawiają zbadać tę sprawę. Hiro nie zdaje sobie sprawy, że to śledztwo będzie pierwszym krokiem ku odkryciu niebezpiecznego świata, dotychczas niezanego ludzkości.