W nowym dniu w regionie Kanto Satoshi zostaje zaproszony przez profesora Yukinaria Ookido na uroczyste otwarcie laboratorium profesora Sakuragi w Vermillion City. Podczas przemówienia inauguracyjnego profesor Sakuragi otrzymuje alert o możliwym pojawieniu się rzadkiego Pokémona w porcie Vermillion City, co skłania Satoshi'ego i innych trenerów do pośpiechu na miejsce w nadziei odnalezienia tajemniczego Pokémona. W porcie odkrywają Lugia — Legendarnego Pokémona — zaangażowanego w walkę z innymi trenerami. Zauważając taktykę innych trenerów, Satoshi każe swojemu partnerowi, Pikachu, uderzyć Lugia atakiem Thunderbolt. Niezrażony Lugia ucieka, ale nie przed tym, jak Satoshi z determinacją skacze mu na grzbiet. Do zaskoczenia Satoshi'ego spotyka tam innego chłopca, Gou, który również wskoczył na grzbiet Lugia. Dwójka podróżuje na grzbiecie Lugia, który zabiera ich na dziwną przygodę po morzach. Gdy zostawia ich na lądzie, Satoshi i Gou żegnają się z Lugia i wracają do Instytutu Sakuragi. Pod wrażeniem odkryć Gou i spostrzeżeń Satoshi'ego zebranych podczas spotkania, Sakuragi prosi dwójkę, by została jego nowymi partnerami badawczymi. I tak rozpoczyna się ich podróż, przemierzająca wiele regionów, aby spotkać wiele nowych Pokémonów — w tym tych, które mają zdolność Gigantamax!