Keita Amano, uczeń szkoły podstawowej, posiada ciekawość tak niewinną, jak każdego innego dziecka w jego wieku. Pewnego dnia, gdy postanawia zagłębić się w las, napotyka małą, tajemniczą kapsułę. Z jej wnętrza wyłania się Whisper. Po 190 latach uwięzienia to przypominające ducha stworzenie jest wdzięczne, że ktoś okazał mu dość życzliwości, by uwolnić go. Decyduje się nagrodzić Keitę, stając się jego stróżem przed nadprzyrodzonymi siłami. Whisper jest jednym z wielu Youkai, które istnieją na świecie, i dostarcza Keicie specjalny Youkai Watch, który umożliwia mu widzenie i interakcję z pozostałymi Youkai. Youkai Watch towarzyszy Keicie, Whisperowi i duchowi kota Jibanyanowi, gdy napotykają Youkai, zaprzyjaźniają się z nimi i naprawiają kłopoty, które te stwory tak często powodują. Dzięki zegarkowi wykorzystują moce wcześniej spotkanych Youkai, aby im pomóc. Młody Keita mógł być zwykłym uczniem szkoły podstawowej, gdy po raz pierwszy spotkał Youkai, ale liczne przygody, które nastąpiły po jego odkryciu, dostarczyły mu nieocenionych doświadczeń i cennych życiowych lekcji, które pomogły mu dorosnąć.