Minęły dwa lata od rajdu CCG na Anteiku. Atmosfera w Tokio radykalnie się zmieniła ze względu na wzmożony wpływ CCG, jednak ghule pozostają problemem, stając się bardziej ostrożnymi, w szczególności grupa terrorystyczna Aogiri Tree, która postrzega CCG jako rosnące zagrożenie dla swojego istnienia. Powstanie specjalnej jednostki, Quinx Squad, może dać CCG potrzebny impuls do eksterminacji niechcianych mieszkańców Tokio. Ci ludzie, którzy przeszli operację w celu wykorzystania zdolności ghuli, uczestniczą w operacjach mających na celu wyeliminowanie tych niebezpiecznych stworzeń. Przywódcą oddziału jest Haise Sasaki, półghul, półczłowiek, wyszkolony przez znanego śledczego klasy specjalnej Kishou Arimę. Jednak w tym młodym mężczyźnie kryje się więcej niż się wydaje, ponieważ nieznane wspomnienia drapią jego umysł, stopniowo przypominając mu, kim kiedyś był.