Minęły dwa lata od rajdu CCG na Anteiku. Choć atmosfera w Tokio radykalnie się zmieniła z powodu wzmożonego wpływu CCG, ghule nadal stanowią problem; stały się bardziej ostrożne, szczególnie terrorystyczna grupa Aogiri Tree, która postrzega CCG jako rosnące zagrożenie dla swojego istnienia. Stworzenie specjalnej jednostki, Quinx Squad, może dać CCG przewagę potrzebną do wyeliminowania niechcianych mieszkańców Tokio. Ci ludzie, którzy przeszli operację umożliwiającą wykorzystanie zdolności ghuli, uczestniczą w operacjach mających na celu wytrącenie z gry tych niebezpiecznych stworzeń. Przywódcą oddziału jest Haise Sasaki, półghul, półczłowiek, wyszkolony przez cenionego śledczego klasy specjalnej Kishou Arimę. Jednak w tym młodym mężczyźnie kryje się więcej niż się wydaje, a nieznane wspomnienia drapią jego umysł, stopniowo przypominając mu, kim kiedyś był.