Dawno przed erą człowieka prehistorycznego Ziemię zamieszkiwała zaawansowana rasa obcych. Nie dbając o moc, którą posiadali, istoty te ostatecznie doprowadziły do własnej zguby. Jednakże obcy zostawili ostrzeżenie dla przyszłych cywilizacji na niezniszczalnych tablicach: aby zniszczono wszelkie pozostałości zniszczycielskiej technologii stworzonej przez ich rasę. W czasach współczesnych korporacja ARCAM i jej paramilitarna jednostka – Sprigganowie – dążą do usunięcia relikwii i zapobiegania wykorzystywaniu ich mocy przez zbuntowanych sprawców. Po niedawnym odkryciu ARCAM w Górach Ararat tego, co uważa się za mityczną Arkę Noego, Spriggan Yuu Ominae został wysłany, aby zbadać sprawę. Jednakże miejsce to zostaje zaatakowane przez US Machine Corps – radykalną frakcję Departamentu Obrony pod dowództwem pułkownika MacDougalla. Na rozkaz Pentagonu MacDougall dąży do zabezpieczenia głównego naukowca ARCAM i przejęcia artefaktu. Połączony siłami z innym Sprigganem, Jean Jacquemondo, Yuu musi powstrzymać MacDougalla i elitarnych żołnierzy Machine Corps przed dotarciem do Arki, zanim będzie za późno.