Trzy wieki temu nieudany eksperyment genetyczny spowodował mutację wszystkich lasów na Ziemi. Obdarzone świadomością rośliny dążyły do wyeliminowania ludzkości, a wynikająca z tego wojna przekształciła planetę w piekielną dystopię. Współcześnie młody chłopiec o imieniu Agito mieszka ze swoim ojcem w Neutralnym Mieście, wsi, która utrzymuje niepewne rozejm z sąsiednim lasem. Pewnego dnia, podczas drogi po wodę, Agito gubi się i natrafia na relikcję przeszłości: dziewczynę śpiącą wewnątrz tajemniczej maszyny. Agito budzi dziewczynę, Toolę Cm Sacl, i przedstawia ją mieszkańcom wioski. Jednakże zewnętrzne siły mają ukryte motywy wobec dziewczyny, która posiada klucz do przywrócenia Ziemi. Zmylona przez Shunacka, żołnierza ze starego świata zdeterminowanego zniszczeniem lasu, Toola podąża za nim mimo ostrzeżeń Agito. Rozwiązany uratować Toolę i zjednoczyć ludzkość z lasem, Agito pożycza moc lasu i ściga ją.