Głęboko w tureckich Górach Ararat tajna grupa o nazwie ARCAM odkryła to, co uważa się za Arkę Noego. Amerykański Korpus Maszyn, buntownicza frakcja Pentagonu, dąży do przejęcia Arki, aby osiągnąć dominację globalną. Na ich drodze staje unikalny agent ARCAM znany jako Spriggan. Japoński Spriggan Yu Ominae łączy siły z francuskim Sprigganem Jean-Jacquesem Mondo, aby walczyć przeciwko Amerykańskiemu Korpusowi Maszyn, dowodzonym przez płk. MacDougalla – genetycznie zmodyfikowanego chłopca posiadającego śmiertelne zdolności psychiczne. Muszą działać szybko, aby powstrzymać MacDougalla przed wykorzystaniem Arki dla jego osobistych celów.