Drugi sezon zaczyna się dokładnie tam, gdzie skończył się poprzedni. Piwnica fermentacyjna i laboratorium profesora Itsuki są gotowe do działania, a dzięki unikalnej zdolności Sawaki Tadayasu do widzenia i komunikowania się z mikroorganizmami, zróżnicowana grupa studentów Itsuki zaczyna przetwarzać różne produkty fermentowane, takie jak sos sojowy i sake.