Jako dziecko Riki Naoe odizolował się od świata po diagnozie narkolepsji, która nastąpiła w ślad za tragiczną śmiercią jego rodziców. Jednak pewnego przeznaczonego dnia Riki zostaje uratowany, gdy chłopiec o imieniu Kyousuke wciąga go do grupy nazywającej się Little Busters. Razem z Masato, Kengo i Rin ci niepokorni spędzają dzieciństwo, walcząc ze złem i ciesząc się młodością. Lata mijają, a nawet w szkole średniej zgrani teammates pozostają razem. Kyousuke decyduje się ożywić Little Busters, tworząc drużynę baseballową, ponieważ będzie to jego ostatni rok szkolny z nimi. Napotykają jednak problem: nie ma wystarczająco dużo członków! Sytuacja się odwraca, bo teraz to Riki musi sięgnąć po nowych przyjaciół i wciągnąć ich do Little Busters, tak jak kiedyś zrobił to Kyousuke dla niego. Nagle pojawia się zwiastun — Rin znajduje dziwny list przytwierdzony do jej kota, nakładający na nich obowiązek odkrycia „tajemnicy tego świata” poprzez wykonanie określonych zadań. Jaka to tajemnica i dlaczego jest ukrywana? To na Little Bustersach, by to odkryć!