Fabuła Little Busters! koncentruje się na Riki Naoe, młodym uczniu liceum, który jest głównym bohaterem. W dzieciństwie Riki stracił rodziców, co sprawiło, że poczuł się bezradny i wpadł w depresję. Z ratunkiem przybyła grupa trzech chłopców i jednej dziewczyny w jego wieku, którzy nazywali się Little Busters – organizacja poświęcona walce ze złem i obronie sprawiedliwości. Kyousuke Natsume był przywódcą Little Busters i miał młodszą siostrę o imieniu Rin. Pozostali dwaj członkowie to Masato Inohara i Kengo Miyazawa, którzy są przyjaciółmi, ale też rywalami. Przeszli razem z Riki trudny okres, bawiąc się z nim, co w efekcie uczyniło go piątym członkiem Little Busters. Z czasem Riki naprawdę zaczął czerpać przyjemność z zabaw z nimi, a jego żal po rodzicach powoli zmniejszał się. Na początku historii Riki i jego przyjaciele wydają się być w drugim roku liceum, z wyjątkiem Kyousuke, który jest w trzecim roku. Ciągle spędzają razem czas i cieszą się życiem szkolnym.