Po przegranej pierwszej gry baseballowej przez Little Busters, drużyna postanawia zorganizować imprezę z naleśnikami. Od powrotu Kyousuke Natsume minął już niemal semestr. Zgodnie ze zwyczajem, Riki Naoe nadal pomaga członkom Little Busters – zarówno starym, jak i nowym – w radzeniu sobie z ich wewnętrznymi problemami. Jednak zaczynają dziać się dziwne rzeczy, które przybliżają Rin Natsume i Riki do odkrycia prawdy dotyczącej „tajemnicy tego świata”. Rin i Riki nie zdają sobie sprawy, że ich odkrycie ostatecznie na zawsze zmieni spokojne codzienne życie stworzone przez Little Busters. Little Busters!: Refrain dostarcza zakończenie kolorowym opowieści swojego zespołu bohaterów – ukształtowanym ciężarem emocji i wzmocnionemu więzią przyjaźni – gdy przychodzą do siebie z żalem i słabościami.