Iori Kitahara przeprowadza się do nadmorskiego miasteczka Izu, aby rozpocząć studia na lokalnym uniwersytecie, i zamieszkuje w mieszkaniu nad Grand Blue, sklepem z sprzętem do nurkowania należącego do jego wuja. Iori ma wysokie oczekiwania i marzy o idealnych studiach, ale po wejściu do sklepu zostaje wciągnięty w alkoholowe wybryki beztroskich członków Klubu Nurkowania, którzy często tam bywają. Namówiony przez starszych kolegów Shinjiego Tokitę i Ryuujirou Kotobuki, Iori niechętnie dołącza do ich dziwnego przyjęcia. Jego kuzynka Chisa Kotegawa wkrótce wchodzi do środka i łapie go na gorącym uczynku, co zyskuje mu jej całkowitą pogardę. Grand Blue, oparty na popularnej komediowej mandze autorstwa Kenjiego Inoue i Kimitake Yoshioki, śledzi perypetie Ioriego z jego ekscentrycznymi nowymi przyjaciółmi, podczas gdy dąży do realizacji swojego marzenia o idealnych studiach, ucząc się jednocześnie nurkowania.