Po rocznej przerwie Shinpachi Shimura wraca do Edo, by spotkać się ze szokującą niespodzianką: Gintoki i Kagura, jego koledzy z Yorozuya, zamienili się w zupełnie inne postacie! Uciekając z siedziby Yorozuya w zamieszaniu, Shinpachi odkrywa, że wszyscy mieszkańcy Edo przeszli niemożliwie skrajne zmiany, zarówno w wyglądzie, jak i w osobowości. Co najbardziej niewiarygodne, jego siostra Otae wyszła za mąż za szefa Shinsengumi i bezwstydnie nachalnego stalkera Isao Kondou i jest w ciąży z ich pierwszym dzieckiem. Zdezorientowany Shinpachi, na prośbę Otae i Kondou, zgadza się dołączyć do Shinsengumi i odkrywa jeszcze bardziej startlingujące transformacje zachodzące zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz szeregów tej organizacji. Jednak po odkryciu, że zastępca szefa Toushirou Hijikata pozostał niezmieniony, Shinpachi i jego nieprawdopodobny sojusznik ze Shinsengumi wyruszają, aby przywrócić miasto Edo do stanu, w jakim je pamiętają. Z jeszcze większą ilością brudnych żartów, ironicznych parodiów i bezwstydnych nawiązań, Gintama' towarzyszy zespołowi Yorozuya w kolejnych ich przygodach w tętniącym życiem, pełnym obcych świecie Edo.