W okresie Edo Japonia zostaje nagle zaatakowana przez obce istoty znane jako Amanto. Mimo prób samurajów walki z pozaziemskim zagrożeniem, shogun wkrótce uświadamia sobie, że ich wysiłki są bezcelowe, i decyduje się na poddanie. Oznacza to początek niepewnego porozumienia między shogunatem a Amanto, skutkującego krajowym zakazem noszenia mieczy i zanikiem ducha samuraja. Jednak istnieje jeden ekscentryczny indywidualista, który posługuje się drewnianym mieczem i odmawia zrzeczenia się swojego statusu samuraja. Teraz, gdy jego gatunek nie jest już potrzebny, Gintoki Sakata wykonuje różne drobne prace w mieście, aby utrzymać się na bieżąco. Dołączają do niego jego samoproklamowany uczeń Shinpachi Shimura, przerażająca obca istota Kagura oraz ogromny pies o imieniu Sadaharu. Razem prowadzą firmę o nazwie Yorozuya, często wpadając w różnego rodzaju szalone i zabawne przygody.