Minęły dwa lata od inwazji Tendoshuu na Centralny Terminal w O-Edo. W międzyczasie członkowie Yorozuy rozeszli się w różne strony. Przewidując powrót Utsuro, Gintoki Sakata zaczyna badać linie siły Ziemi w poszukiwaniu śladów jego Altany. Po spotkaniu z resztkami Tendoshuu, które nadal szukają nieśmiertelności, Gintoki wraca do Edo. Następnie zjednoczeni Shinsengumi i Yorozuya rozpoczynają atak na okupowany Centralny Terminal. Gdy Altana, zebrana z wraków statku Tendoshuu, grozi eksplozją, Yorozuya i ich sojusznicy walczą ze swoimi wrogami, podczas gdy bezpieczeństwo Edo – a także reszty świata – wisí na włosku. Spełniając życzenia swojego nauczyciela, dawni uczniowie Shouyou Yoshidy łączą siły i na pożegnanie przeżywają swoje przeszłości, próbując uratować swoją przyszłość.