Kanji Sasahara to introwertyczny student pierwszego roku, który po prostu szuka miejsca, gdzie by się czuł jak w domu. Pewnego dnia natrafia na klub znany jako Towarzystwo Badań nad Współczesną Kulturą Wizualną – inaczej Genshiken – którego celem jest zjednoczenie pełnego spektrum kultury otaku. Jego pierwsza wizyta w klubie kończy się jednak źle, gdy jego starszy kolega, Harunobu Madarame, zgnieć dumę Sasahary, powodując, że opuszcza spotkanie w całkowitej negacji swojej natury otaku. Jednak po zaprzyjaźnieniu się z członkiem klubu Makoto Kousaką, który okazuje się być hardcore'owym otaku mimo swojego wyglądu, Sasahara staje się bardziej zaangażowany w działalność klubu. Obejmuje to obsesyjne oglądanie ulubionych anime, czytanie doujinshi i uczestniczenie w konwencjach. Tam spotyka innych ciekawych ludzi, takich jak Saki Kasukabe, stanowczo nie-otaku dziewczyna Kousaki, która dąży do przekształcenia swojego chłopaka w "zwykłego faceta". Podczas gdy Saki zmaga się ze zrozumieniem kultury otaku i miłości swojego chłopaka do niej, Sasahara zaczyna czerpać przyjemność z czasu spędzanego w Genshiken, stopniowo odrzucając jakąkolwiek negację, którą kiedyś miał wobec bycia otaku, i zanurzając się w stylu życia otaku.