Nieśmiały, powściągliwy i niskiego wzrostu uczeń liceum Deimon, Sena Kobayakawa, jest idealnym celem dla prześladowców. Jednak dzięki całemu życiu spędzonemu na bieganiu z różnymi zleceniami, Sena stał się zwinny i wypracował umiejętność unikania tłumów. Po tym, jak chytry Youichi Hiruma – kapitan szkolnej drużyny futbolowej Deimon Devil Bats – zauważa błyskawiczne nogi Seny, zmusza go do dołączenia do swojego zespołu. Ponieważ Hiruma chce ukryć tożsamość Seny przed innymi klubami, Sena musi ukrywać się pod hełmem z wizjerem postaci o pseudonimie „Eyeshield 21”, tajemniczego running backa noszącego koszulkę z numerem 21. Legendarne Eyeshield 21 rzekomo potrafi biegać z prędkością światła i odniósł niezwykłe sukcesy w Stanach Zjednoczonych podczas pobytu w Kolegium Notre Dame. Przyzwyczajony do unikania problemów w przeszłości, specjalność Seny może właśnie pomóc mu stać się nową tajną bronią Deimon Devil Bats. W miarę jak wchodzi w interakcje z kolegami z drużyny, Sena stopniowo zyskuje pewność siebie i buduje cenne relacje w trakcie tej przygody.