Cyfrowy Świat pogrążony jest w wojnie, gdy złośliwa Armia Bagra dąży do zebrania fragmentów Korony Kodu. Ktokolwiek uda się zebrać wszystkie 108 fragmentów, wstąpi na tron i stanie się królem Cyfrowego Świata. Ta złowrogie frakcja Digimonów, znana jako Armia Bagra, jest zdeterminowana, by przejąć Koronę Kodu. Digimon Xros Wars koncentruje się na Taiki Kudou, uczniu szkoły średniej, który kocha piłkę nożną i zawsze stara się pomóc tym, którzy tego potrzebują. Pewnego dnia, gdy spaceruje ze swoimi przyjaciółmi Akari Hinomoto i Zenjirou Tsurugi, słyszy głos wołający o pomoc. Po zbadaniu źródła dźwięku napotyka Digimona o imieniu Shoutmon, który został ciężko ranny w pobliskim zaułku. Dzięki sile niezwykłego urządzenia zwanego Xros Loaderem, Taiki udaje się uratować życie Shoutmona, ale zostaje wciągnięty do Cyfrowego Świata wraz z Akari i Zenjirou. Nie chcąc dać złej Armii Bagra wygrać, Taiki i jego przyjaciele łączą siły ze Shoutmonem i innymi lokalnymi Digimonami, tworząc własną grupę o nazwie Xros Heart. Teraz Xros Heart musi walczyć przez Cyfrowy Świat, zbierając fragmenty Korony Kodu i pokonując Armię Bagra, jednak Taiki i jego przyjaciele nie są jedynymi ludźmi uwikłanymi w tę wojnę potworów…