Taichi Yagami i jego przyjaciele przeszli do szkoły średniej, ale do tego czasu stracili kontakt ze swoimi partnerami Digimonami. W związku z tym Taichi jest zaskoczony, gdy nagle otrzymuje sygnał alarmowy wezwujący go do Cyfrowego Świata. Po przybyciu odkrywa, że Digimony żyją w strachu przed tajemniczym Cesarzem Digimonów, który jakoś tłumi ich zdolność do Digievolution! W świecie rzeczywistym Hikari Yagami i Takeru Takaishi spotykają się ponownie w tej samej klasie piątej klasy. Mają trzech wspólnych kolegów ze szkoły: Daisuke Motomiya, który przypomina im obu Taichiego; Miyako Inoue, techniczną wróżbitę; oraz Iori Hida, sąsiada Miyako. Gdy te trzy dzieci otrzymują Digivice „D-3”, one — wraz z Hikari i Takeru, którzy wciąż posiadają swoje oryginalne Digivice — tworzą nową generację „Wybranych Dzieci”, które muszą ponownie uratować świat. Korzystając z mocy Zbrojnych Jajek Digimonów, muszą pokrzyżować plany Cesarza Digimonów, aby rozprzestrzenić swój wpływ na cały Cyfrowy Świat.