Gdy niepokonany uliczny walkierz Masaru Daimon i zbuntowany Digimon Agumon spotykają się po raz pierwszy, stają się przyjaciółmi w najbardziej naturalny dla tej niezdarniej dwójki sposób – walcząc z całych sił. Samoproklamowany „ostateczny zespół” zostaje werbowany przez tajną organizację rządową o nazwie Digital Accident Tactics Squad, czyli DATS, która była świadkiem niewiarygodnego widowiska, w którym człowiek mierzył się cios po ciosie z Digimonem. Ich głównym zadaniem jest badanie tajemniczych problemów spowodowanych przez Digimonów wchodzących do świata rzeczywistego, a świat znajduje się obecnie w środku kryzysu, ponieważ Digimonowie pojawiają się w bezprecedensowym tempie. Podczas wykonywania różnych misji z DATS, Masaru i Agumon stają się współpracownikami nastoletniego geniusza Toumy Norsteina i jego Digimona partnera Gaomona, a także życzliwej Yoshino „Yoshi” Fujiedy i jej Digimona partnera Lalamon. Gdy grupa kontynuuje śledztwo w sprawie gwałtownego wzrostu liczby Digimonów w ich świecie, zaczyna wychodzić na jaw mroczniejsza prawda.