Trzy lata po pokonaniu Apocalymona, ciemne moce ponownie zaczynają się budzić w DigiWorldzie. „Imperator Digimonów”, ludzki chłopiec, prowadzi kampanię mającą na celu zniewolenie wszystkich Digimonów, a nowa drużyna wojowników musi zjednoczyć siły, aby przywrócić pokój.