Dawno temu śmierć cesarza wywołała zamieszki i wojny domowe, które zniszczyły Atlantię. Gdy młody król Yaiba objął tron, zdrajców i buntowników stracono, aby przywrócić pokój, którym kraj kiedyś cieszył się. Jednakże, splamiona tym radykalnym aktem rządzenia, Atlantiia pozostaje owinięta cieniem represywnego rządu. Tsurugi Tatewaki to pełen energii nastolatek, który dorastał na wiejskiej prowincji, mając mało wspomnień o swoich rodzicach. Pewnego dnia w domu odkrywa tajemniczy miecz, który przekształca się w kartę Battle Spirits. Gdy siły zbrojne z Atlantii konfrontują się z Tsurugim, mając na celu przejęcie jego karty, tajemnice jego przeszłości zaczynają się powoli ujawniać. W towarzystwie droida o imieniu Bringer, Tsurugi podróżuje do stolicy Atlantii i spotyka rzekomych wojowników, którzy posługują się podobnymi mieczami. Gdy jego świat jest powoli odwracany do góry nogami przez stopniowe ujawnianie się większych tajemnic, Tsurugi może musieć zakwestionować wszystko, co wie, w tym swój własny sąd o tym, co oddziela dobro od zła.