Jak każdy entuzjasta gier karcianych, Hajime Hinobori zawsze pragnął zobaczyć, jak Duchy z jego kart ożywają i obserwować je w rzeczywistych walkach. To marzenie zostaje spełnione dzięki naukowcom-rodzicom Hajime, którzy opracowują system rzeczywistości rozszerzonej, rewolucjonizujący scenę rywalizacji w Battle Spirits. Ciekawi gracze z całego świata przybywają, aby wziąć udział w tym innowacyjnym systemie walki. Mając na celu zostanie mistrzem tej nowej formy Battle Spirits, Hajime spotyka wielu kolorowych i ekscentrycznych rywali, w tym dziwaczną dywę Kimari Tatsumi i aroganckiego prodigiego Tegamaru Tanashiego. W trakcie tej podróży samopoznania i karcianych przygód, w życiu młodych bohaterów dążących do zdobycia korony nie ma zwykłych dni!