Shunta Mogami jest wielkim fanem gry Battle Spirits. Pewnego dnia światło emitowane z karty Battle Spirits przenosi go do Spirits World, źródła wszystkich Battle Spirits. Tam spotyka dziewczynę o imieniu Eto, która twierdzi, że przywołała go do Spirits World, aby powstrzymać jego zniszczenie przez wskrzeszonego Złego Króla Bogów. Ta istota wcześniej spiskowała, by zniszczyć Spirits World, zanim została pokonana i zamknięta. Razem z Yoku Albatrosa, pewnym siebie użytkownikiem zielonego talii, który również przybył z innego świata, Shunta wyrusza w podróż, by odnaleźć dwunastu Królów Bogów, których moc pierwotnie zamknęła Złego Króla Bogów.