Tomoharu Natsume jest zwykłym uczniem liceum we wszystkich aspektach, z wyjątkiem jednej anomalii: towarzyszy mu duch jego najlepszego przyjaciela, Misao. Po przeprowadzce do dawnego mieszkania swojego brata Tomoharu spodziewa się wznowienia swojej rutynowej egzystencji, lecz pewnego dnia znajduje tajemniczą, zamkniętą walizkę, pozbawioną jakichkolwiek instrukcji. Początkowo zamierzając ją schować, wkrótce odkrywa, że jego dom jest zalany przez różne frakcje poszukujące walizki. Mimo że pozostaje nieświadomy celu, jakiemu służy walizka, Tomoharu i Misao starają się uciec z nią. Następnie Tomoharu dąży do odkrycia tajemnic otaczających walizkę, jej powiązań z Misao oraz przyczyny jej zmieniającej świat mocy.