Natsume Tomoharu jest zwykłym uczniem szkoły średniej, z wyjątkiem jednej rzeczy: towarzyszy mu duch jego najlepszego przyjaciela, Misao. Po przeprowadzce do dawnego domu swojego brata Tomoharu spodziewa się powrotu do rutynowego życia, lecz pewnego dnia znajduje się w posiadaniu tajemniczej, zamkniętej walizki bez żadnych instrukcji. Początkowo zamierza ją schować, ale wkrótce jego dom zostaje zalany przez różne grupy polujące na walizkę. Nadal nie wiedząc, do czego służy walizka, Tomoharu i Misao próbują uciec z nią. Od tego momentu Tomoharu dąży do odkrycia tajemnic otaczających walizkę, jej powiązań z Misao oraz przyczyny, dla której posiada moc zmiany świata.