Po rozpoczęciu nauki w szkole średniej, protagonista, Natsume Tomoharu, wykorzystuje szansę na samodzielne życie. Choć początkowo wydaje się zwykłym uczniem liceum, jeden aspekt jego życia jest daleki od normy: prześladowany jest przez ducha młodej dziewczyny o imieniu Minakami Misao. Tomoharu przeprowadza się do swojego nowego miejsca zamieszkania, Meioutei, i zaczyna cieszyć się beztroskim życiem licealisty. Jednak ten spokój zostaje złamany, gdy piękna dziewczyna o imieniu Kurosaki Shuri przybywa z skrzynią, którą brat Tomoharu polecił jej mu dostarczyć. Obecność skrzyni wywołuje pojawienie się Takatsuki Kanade, dziewczyny ubranej jak kapłanka świątynna, która ściga skrzynię. Ponieważ Tomoharu posiada skrzynię, przeznaczeniem jest, że stanie twarzą w twarz z ukrytą prawdą tego świata.