Akcja rozgrywa się w alternatywnej linii czasowej, a narracja odbiega od kanonu wcześniejszych filmów z serii Appleseed (nawet jeśli oba wyreżyserował ten sam reżyser); przedstawia inną historię początków. Briareos jest już cyborgiem i nigdy nie został oddzielony od Deunan, ani też nie spotkali się ponownie w Olimpii, aby dołączyć do ESWAT. Appleseed Alpha przedstawia wczesne lata Deunan Knute i Briareosa w XXII wieku, podczas gdy podróżują przez dystopijne ruiny Nowego Jorku, szukając miasta Olimpii. Two Horns, przywódca zrujnowanego miasta, wynajmuje ich do zniszczenia dwunożnych maszyn bojowych. Podczas bitwy spotykają Irysa i Olsona, którzy również wykonują misję. Deunan i Briareos zaprzyjaźniają się z nimi i decydują dołączyć do ich sprawy. Iris otrzymuje zadanie powstrzymania złośliwego cyborga Talosa przed przejęciem tajnej broni, którą ludzie konstruowali. Talos wykorzystuje Irysa do aktywacji kolosalnej maszyny wojennej.