Rok 2065. Ziemia zmieniła się nie do poznania. Na całym świecie pojawiły się śmiertelnie niebezpieczne istoty obcej pochodzenia zwane Fantomami. Sam dotyk z nimi jest śmiertelny, prowadząc albo do natychmiastowej śmierci, albo do powolnego upadku. Aby uratować resztki ludzkości, wokół wybranych miast wzniesiono gigantyczne bariery polowe, mające odtrącać Fantomy. Naukowcy Aki Ross i jej mentor, dr Sid, szukają trwałego rozwiązania tej inwazji. Ich badania ujawniły istnienie rodzaju duchowej energii Gaia, zdolnej do unicestwienia Phantomów na świecie. Aki i Sid nie są sami w swojej misji w Final Fantasy: The Spirits Within; rada ludzkości oraz jednostka wojskowa „Deep Eyes” są gotowe do pomocy. Jednak nie wszyscy popierają to podejście. Aki, Sid, Grey i ich towarzysze muszą zjednoczyć się przeciwko zagrożeń zarówno obcych, jak i ludzkich, jeśli mają nadzieję przywrócić pokój na Ziemi. Choć Fantomy, których dotyk jest śmiertelny, wydają się większym niebezpieczeństwem, odkryją, że ich wrogowie z ludzkiego świata są równie potężni.