Rok 2071. Ludzkość została wypchnięta na skraj wyginięcia po pojawieniu się zjadających ludzi potworów znanych jako „Aragami”, które są odporne na konwencjonalną broń. Zniszczyły one ziemię, pożerając niemal wszystko na swojej drodze i nie pozostawiając po sobie nic. Aby walczyć z nimi, utworzono organizację o nazwie Fenrir jako ostatnią próbę uratowania ludzkości poprzez użycie „God Eaters” – specjalnych ludzi zinfundowanych komórkami Oracle, co pozwala im posługiwać się God Arc, jedyną znaną bronią zdolną zabić Aragami. Jednym z takich God Eaters jest Lenka Utsugi, New-Type, którego God Arc działa zarówno jako miecz, jak i pistolet. Teraz, będąc jednym z najpotężniejszych atutów Fenrir, Lenka musi opanować swój God Arc, jeśli chce osiągnąć swój cel, jakim jest całkowite wyeliminowanie Aragami. Potwory nadal rodzą się w dużych ilościach, podczas gdy resztki ludzkości walczą o przetrwanie nocy. Tylko God Eaters stają między Aragami a całkowitą i całkowitą zagładą rasy ludzkiej.