Wypędzeni na skraj wymarcia przez „Aragami”, rasę wszystko pożerających potworów, ludzie stają do ostatniej walki w odizolowanych ogniskach oporu. Niezależnie od konwencjonalnych obrażeń, te stworzenia mogą zostać zabite jedynie bronią „Oracle Cell”, zbudowaną z tej samej materii, co Aragami. Jednak dzięki ich boskiej zdolności adaptacji, Aragami szybko rozwijają dalszą odporność. Nie mając żadnej innej nadziei na odparcie wroga, pozostałości rządów ludzkich decydują się na zdetonowanie reaktora jądrowego, aby wyeliminować potwory zagrażające Eurazji. Żołnierze przydzieleni do tej misji są wspierani przez trzech „God Eaterów” wysłanych z oddziału Fenriru na Dalekim Wschodzie, organizacji kontrolującej to, co pozostało z Japonii. Posiadają oni najnowocześniejszą broń znaną jako God Arcs, która rzekomo jest w stanie przebić skórę Aragami i wyciągnąć ich rdzenie, rozdrabniając potwory. Ci potężni wojownicy mogą być ostatnią nadzieją ludzkości na odparcie zagrożenia ze strony Aragami i uniknięcie całkowitego wymarcia.