Mitologiczne bestie atakują mieszkańców Esterii, którzy zgromadzili armię, aby stawić im czoła. Bestie są nieubłagane i wydają się mieć nieskończoną liczbę, podczas gdy liczba obrońców maleje z każdej potyczki. Nawet w mieście Minea, gdzie ludzie bezpiecznie schronili się za murami zamku, nieustanne ataki zniszczyły ich nadzieję. Wtedy pojawia się przepowiednia, która zapowiada przybycie młodej, odważnej duszy, która może przynieść zbawienie. Ys opowiada o Adolu Christinie, przybyszem napędzanym pragnieniem podróży na wyspę Esteria, który trafia na brzeg po zatonięciu statku. Pod kierunkiem wróżbitki Sarah Tovah, on i jego sojusznicy podróżują po wyspie w poszukiwaniu legendarnych tomów znanych jako Księgi Ys. Będzie to długa i niebezpieczna podróż, ale jeśli los naprawdę działa, Adol z pewnością będzie bohaterem, który przywróci pokój na Esterii.