Mimo że Hibiki i załoga pokonali potężny okręt bitowy Ziemi na końcu pierwszego etapu, dostrzegli pięć kolejnych okrętów bitowych dalej, celujących w Mejeiru i Tarahk. Załoga NIRVANY dowiedziała się, że Tarahk i Mejeiru, ich dom, stają w obliczu kryzysu Karitori (żniwa). Przyspieszyli podróż do domu, aby ostrzec ich przed kryzysem. W drodze bieżące informacje o Ziemi, przyniesione przez dziewczynę Misty, która dołączyła do ich podróży, były gorsze niż mogli sobie wyobrazić. Hibiki i załoga zdali sobie sprawę, że prawdziwa walka czeka w przyszłości. VANDREAD jest wreszcie przekształcony w swój ostateczny system z powodu ataku wroga, który staje się coraz bardziej agresywny. Czy będą mogli uratować swój dom? I co stanie się z relacją między Hibikim a Ditą?