Mimo że Hibiki i załoga pokonali olbrzymi okręt bitowy Ziemi na końcu pierwszego etapu, zauważyli pięć kolejnych okrętów bitowych dalej, celujących w Mejeiru i Tarahk. Załoga Nirvany dowiedziała się, że ich planety macierzyste, Tarahk i Mejeiru, stają w obliczu kryzysu Karitori (żniwa). Przyspieszyli podróż do domu, aby ostrzec je przed niebezpieczeństwem. W trakcie podróży Misty, dziewczyna, która dołączyła do nich w tej wyprawie, przyniosła aktualne informacje o Ziemi, które były gorsze niż mogli sobie wyobrazić. Hibiki i załoga zrozumieli, że prawdziwa bitwa czeka ich w przyszłości. Pod atakiem coraz bardziej agresywnego wroga, Vandread w końcu przekształca się w swój ostateczny system. Czy będą mogli uratować swój dom? I co stanie się z relacją między Hibiki a Ditą?