W roku 2242 resztki ludzkości zmuszone są do życia w rozproszonych, przypominających bańki miastach na zniszczonych ziemiach. Ukrywając się przed toksycznym deszczem i wrogimi formami życia znanymi jako Enders, przetrwują dzięki nowemu źródłu energii pozyskiwanemu z kryształów AO. Osoby powołane do ryzykowania życia w celu zbierania kryształów AO nazywane są drifterami, którzy pilotują wszechstronne, dwunożne czołgi przy wsparciu bojowych androidów zwanych magusami. Podczas eksploracji odległych ruin wraz ze swoim wyjątkowo utalentowanym przyjacielem drifterem Tokio, przyszły drifter Kanata odkrywa Noir, pozornie nienaruszonego magusa w stanie uśpienia. Choć budzi się sama, Noir utraciła pamięć i nie jest pomocna w pracy Kanaty. Jednakże podczas ataku Endersów Kanata odkrywa, że Noir posiada wyjątkowe zdolności bojowe. Para wyrusza teraz w podróż, by nie tylko rzucić światło na przeszłość Noir, ale także odnaleźć lokalizację Histoire – mitycznego miasta, które strzeże tajemnic świata i które Kanata zawsze marzył odwiedzić.